1.備案申請保稅

經國家批準的保稅區域，包括保稅區、出口加工區從境外運入區內儲存、加工、裝配后復運出境的貨物，已經整體批準保稅，備案階段與報關階段和并，省略了按照每一個合同或每一批貨物備案申請報稅的環節。

經國家批準的保稅倉庫，在每一批貨物進境入庫之前必須按照每一批貨物為單位進入備案申請報稅的環節：倉庫經營人向主管海關提出保稅申請，主管海關審核后批準保稅，倉庫經營人憑海關批準報稅的單證辦理申報貨物進境入庫手續。

加工貿易進口料件，包括來料加工、進料加工、外商投資企業履行產品出口合同、保稅工廠、保稅集團進口料件，則必須按照每一個合同為單位進入備案申請報稅階段。加工貿易進口料件備案批準報稅階段的具體環節是：企業合同備案、海關批準保稅、設立或不設立銀行臺帳、海關核發《手冊》。

2.進出境報關

所有經海關批準保稅的貨物，包括區域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿易經海關批準準予保稅的貨物，在進出境時都必須和其他貨物一樣進入進出境報關階段;與一般進出口貨物報關階段不同的是，保稅貨物暫緩納稅，不進入納稅環節，但應當收取監管手續費。

進出境報關階段的具體環節是：申報、配合查驗、繳納或免納監管手續費、提取貨物或裝運貨物。

3.報核申請結案

報核申請結案階段的具體環節是：企業報核、海關受理、實施核銷、結關銷案。

所有經海關批準保稅的貨物，包括區域保稅貨物、倉儲保稅貨物和加工貿易經海關批準準予保稅的貨物，都必須按規定由保稅貨物的經營人向主管海關報核，海關受理報核后進行核銷，核銷后視不同情況，分別予以結關銷案：

① 區域保稅貨物因為沒有規定具體的保稅期限，所以最終的結案應當以進區貨物最終全部出境或出區辦結海關手續為結案標志。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出區辦結海關手續的，則不能結案，結轉到下期繼續監管，直到能夠結案。

② 倉儲保稅貨物應當以該貨物在規定的保稅期限內最終全部出境或出庫辦結海關手續為結案標志。每月報核一次。本期核銷該批報稅貨物沒有全部出境或出庫辦結海關手續的，則不能結案，結轉到下期繼續監管，直到能夠結案或者到期變賣處理。

③ 加工貿易經海關批準準予保稅的貨物應當以該加工貿易合同項下產品在規定期限內全部出口或者部分出口，不出口部分全部得到合法處理為結案標志。海關受理報核后，在規定的核銷期限內實施核銷，對不設立臺帳的，予以結案;對設立臺帳的，應當到銀行撤銷臺帳，然后結案。