由于加工貿易具有兩頭在外，方式靈活，受國內外經濟環境變化影響較小等特點，因而越來越受到企業的重視，成為其擴大出口創匯，提高經濟效益的重要手段之一。雖然加工貿易對引進國外先進生產設備、技術和管理經驗，提高產品檔次，加快商品結構、市場結構和產業結構調整，解決勞動就業以及帶動國內相關產業發展，促進經濟發展等都發揮了積極作用，但由于加工貿易規模龐大、分布領域廣，經營企業眾多，致使對加工貿易的管理難度加大，一些不法企業利用加工貿易進口商品和一般貿易進口商品存在很大的稅負差異，假借加工貿易名義從事走私違法活動，嚴重沖擊了國內市場和部分產業，造成了國家大量稅收流失，對國有企業改革解困和國民經濟健康發展產生了不良影響。為促進加工貿易健康發展，國家自1996年7月開始對該制度作了進一步的完善，主要為：

1、對加工貿易的商品實行分類管理(禁止類、限制類、允許類)

2、對加工貿易企業實行分類管理(分A、B、C、D四類)

3、銀行保證金臺帳“實轉”管理