1、兩者本質不同

2、兩者工藝特性不同

兩者本質不同：去離子水是指除去了呈離子形式雜質后的純水，應用離子交換樹脂去除水中的陰離子和陽離子，但水中仍然存在可溶性的有機物。可以污染離子交換柱從而降低其功效，去離子水存放后也容易引起細菌的繁殖。蒸餾水是指經過蒸餾、冷凝操作的水，蒸二次的叫重蒸水，三次的叫三蒸水。低耗氧量的水，加入高錳酸鉀與酸工業蒸餾水是采用蒸餾水方法取得。同時，常飲蒸餾水就等于放棄了從水中獲得人體所需的微量元素的5%的來源。

兩者工藝特性不同：去離子水是通過離子交換樹脂除去水中的離子態雜質而得到的近于純凈的水，其生產裝置設計的合理與否直接關系到去離子水質量的好壞及運營的經濟性。去離子相對環保，自動化程度高，初期投入大，價格相對比較貴。蒸餾水的制作是把源水煮沸后令其蒸發冷凝回收，要大量耗費熱能，造價不會太低，用于制作蒸餾水的源水中的其它遇熱蒸發物質，也就隨著蒸餾水的生成而冷凝到蒸餾水中。如對健康有害的酚類、苯化合物，甚至可蒸發的汞等。