農村土地承包經營權證丟失可以持相關證件資料到有關部門補辦。辦理流程及所需證件資料如下：

1、本人申請書

2、本村介紹信

3、本人提供的在縣市級以上電視臺或地市級以上報刊的公告、聲明的相關手續，同時應在本村公示七天以上

4、原“換發農村土地承包經營權證申請表”的復印件

5、鄉（鎮）經管中心重新填寫并編碼、蓋章的“換發農村土地承包經營權證申請表”

6、土地確權：土地所有權、土地使用權和他項權利的確認、確定，簡稱確權。是依照法律、政策的規定確定某一范圍內的土地（或稱一宗地）的所有權、使用權的隸屬關系和他項權利的內容。

7、確權機關：確權機關是指依法有權確定土地所有權和使用權歸屬的行政機關。依照我國《土地管理法》第十六條的規定，確權的權利主體為鄉級或縣級以上人民政府，也就是說只有鄉級或縣級以上人民政府才具有確認所有權和使用權的權力：主管是指確定土地所有權和使用權的具體承辦部門。土地管理部門做為人民政府的職能部門，具體承辦確權工作，對確權的意見和建議，要報同級人民政府作出決定。