1、劉裕要把司馬懿后代滅族的最重要的原因是為了穩定自己的新興政權。劉裕雖說先祖是漢朝宗室，但到了自己這個時候他只是個泥腿子，能有如今的成就，他全靠自己。一般來說這種靠自己能力打天下的人，往往更怕自己的天下被奪去，比如劉邦、朱元璋這樣的，都對自己天下有威脅的人很小心謹慎，甚至是猜忌。而當時有不少人依舊念舊主，比如前頭說的那個寧愿自己死，不愿去毒殺司馬德文的張偉，這很難不讓劉裕多想。

2、而劉裕在稱帝后，他抑制士族，重用寒門，他也很擔心士族勢力因為不服自己的政策選擇扶持司馬氏叛亂，使得司馬氏政權會死灰復燃，對于他來說只有趕盡殺絕才是最保險的，這樣讓想造反的士族沒有任何借題發揮的機會。

3、再者當時還有一個相當現實原因，劉裕稱帝時五十七歲，他深知自己時日無多，而自己的接班人宋少帝劉義符才十七歲，而且心智未開還是個只知玩耍嬉戲的孩子，實際懂得的還不如十七歲的少年，為了兒子著想他也得殺光司馬氏以免以后出現后患。