1、學制長全日制碩士以學業為主，從周一到周五都會安排課程，甚至周六日也有學業安排，學習時間長，所以研究生學習的時間一般是兩年或三年。而非全日制研究生上課時間短，想把所有科目修讀完畢，就需要多花幾年時間，非全日制的學制比較長。

2、學費貴非全日制非常突出的一個特點那就是學費比較貴，一年的學費大概需要好幾萬，雖然在職研究生也在工作賺錢，但還是需要考慮學費之處問題。而且非全日制研究生沒有獎學金和助學金，全靠自己的收入填補。一般工資不高的人可能學費也付不起。

3、不提供住宿非全日制研究生平時上課時間不多，所以學校不給提供住宿，如果工作和住所不在學校當地，那住宿也是很重要的問題。學校也不負責非全日制研究生的戶口和檔案，所以學生也要考慮好這兩個問題。所以想考非全日制碩士，最好選擇工作所在城市的院校，要不然還要兩座城市奔波，住宿也是一塊花銷。

4、社會偏見以前非全日制研究生考試難度不大，對學生的考核不嚴格，比較容易就可以拿到畢業證。很多人和企業并沒有轉換好這一看法，對非全日制碩士還存在偏見，覺得他們是拿獎金錢買學歷。雖然現在有兩個證書，但如果想要應聘一個崗位，一般企業可能會優先考慮全日制研究生。