截止2019年12月，南通市下轄三個區，分別為：

1、崇川區

位于江蘇省中部，長江入海口北岸，是南通市市委、市政府駐地。截止2019年12月，下轄10個街道，1個開發區，分別為：

城東街道、和平橋街道、任港街道、新城橋街道、虹橋街道、學田街道、鐘秀街道、文峰街道、觀音山街道、狼山鎮街道，南通崇川經濟開發區。

2、港閘區

位于長江入?？诒卑?，南通市區中部，西部以九圩港河為界，與通州區平潮鎮隔河相望，北部與通州區劉橋鎮、東部與通州區興仁鎮接壤。截止2019年12月，下轄6個街道，1個開發區，分別為：

唐閘鎮街道、秦灶街道、幸福街道，陳橋街道，港閘經濟開發區（永興街道、天生港鎮街道）。

3、通州區

位于江蘇省東南部，長江三角洲東北翼，東臨黃海，西枕長江，東南臨海門市，西臨南通市港閘區、崇川區，西、北與如皋市、如東縣接壤。截止2019年12月，下轄4個街道、12個鎮，分別為：

金沙街道、金新街道、興東街道、先鋒街道；張芝山鎮、五接鎮、川姜鎮、石港鎮、西亭鎮、二甲鎮、東社鎮、十總鎮、劉橋鎮、平潮鎮、興仁鎮、三余鎮。