1、發動機加速不穩定或者加速無力及排放黑煙等故障。

高壓共軌系統中的高壓噴油嘴需要精準的控制噴油壓力、噴油時間和噴油量，而噴油嘴的做工比較精細，如果油水分離器出現問題，柴油中的水及雜質會對噴油嘴內的柱塞偶件形成磨損造成拉傷，直到噴油器卡死。同時會使閥組件的球形面出現爆炸式的傷害。造成噴油器會油量的增加。會造成發動機加速不穩定或者加速無力，或者排放黑煙等故障，嚴重者會直接損壞發動機。

2、產生積炭。

如果油水分離器損壞，柴油中的水及雜質會通過濾清裝置，然后在進氣門、進氣道、汽缸內淤積，天長日久形成堅硬的積炭，繼而影響發動機的工作，嚴重時會導致發動機毀壞。

油水分離器損壞會造成氣門積炭，而氣門積炭會導致發動機啟動困難、怠速不穩、加速不良、急加油回火、尾氣超標、油耗增多等異常現象，嚴重者會導致發動機損壞。

3、發動機冒白煙。

油水分離器損壞后會導致發動機冒白煙，因為燃油中的水分在燃燒時會變成水蒸氣，從而就會出現冒白煙的情況。而白煙中的水蒸氣會損壞高壓噴油嘴，造成發動機功率不足，會造成突然停車的現象，嚴重的情況就會直接損壞發動機。