1、跨境物流碎片化導致監管困境。電子商務跨境零售一般都是通過小型包裹，由于數量大且相對零散，不僅物流效率低、成本高，而且通關管理部門工作量激增，現行物流及通關模式無法適應。由于相關制度執行不嚴，網購中經常會出現假冒偽劣商品，或通過“代購”、瞞報、化整為零逃稅避稅，還有不法分子在郵件、快件中夾帶武器、毒品走私，跨境電商存在安全風險。

2、跨境網購進口通關管理制度改革亟待全面推進。跨境電子商務通關便利化的改革仍在試點中，其中跨境網購進口規制亟待改革加快。并且，當前口岸單一窗口體制機制建設尚不完善，口岸現場的監管部門多，管理分散，跨境電子商務的物流通關效率低，運作成本相對較高，直接影響消費者跨境網購的意愿和規模。

3、跨境電子商務統計制度尚未統一。目前各統計數據的定義、數據來源、統計口徑等尚不明確，導致我國跨境電商的相關數據統計很難做到精準，影響有關部門準確判斷。目前，亟待研究建立規范的跨境電子商務統計制度，明確統計口徑，統一統計制度和標準。從廣義的角度考慮，還需要設計若干專項統計標準，以全面、有效發揮統計的導向作用。