1、石菖蒲可用于治療痰蒙心竅所致的神志不清等癥，通常和遠志，茯苓等藥物一起使用，石菖蒲和遠志都可以祛痰清竅，茯苓有利尿去濕痰的作用，合用可以增強療效。

2、石菖蒲還可用于體內濕邪內困所致的胸腹部脹痛，腰酸背痛，頭痛，思睡等癥狀，尤其在夏秋季多見。有化濕行氣的作用，通常和藿香一同使用，藿香有化濕解暑的作用。合用可以增強療效。

3、石菖蒲還可用于痢疾嚴重的時候，不能進食者， 石菖蒲能夠促進胃液的分泌，減少腸道內的細菌發酵。通常和人參，茯苓等藥一同使用。人參可以補氣健脾，茯苓可以健脾利尿補中，合用后能夠讓病人開胃進食。

4、石菖蒲還可用于治療真菌引起的各種感染，因為石菖蒲對皮膚真菌有一定的抑制作用， 我們可以用1份的石菖蒲和3份的水泡成石菖蒲水浸劑，外用擦洗皮膚真菌感染部位。