1、人工去除法。在藻類增殖后，最直接的去除方法是手動去除。可以使用合適的工具來去掉附著的藻類，如使用玻璃刷、牙刷將玻璃壁或者器材上的附著藻類去除，水草葉片上附著藻類的話，則可以將葉片直接剪掉。

2、化學藥劑去除法。市面上有許多去除藻類的藥劑出售，也可以用來殺滅藻類，但是大部分去除藻類的藥物對水草也會有害，甚至對魚蝦也有害處，所以我們盡量不使用藥物。如果確實需要是使用藥物，可采取低濃度使用，在對水草傷害最小的情況下達到殺藻的作用。

3、放養食藻生物法。有些魚類可以啃食水族箱壁上附生的藻類，如青苔鼠等，我們可以利用這個特點來消滅水族箱中的水藻；還有一些可以吃藻的蝦和螺類，例如大河沼蝦、黑殼蝦，可以在很短的時間內將多數藻類吃掉；蘋果螺也可以在水草缸中將附生的藻類啃食掉，而不吃水草。這些魚蝦螺本身也是具有觀賞性的，可以根據實際飼養的魚蝦種類進行搭配。

4、紫外線殺藻。使用紫外線殺菌燈（UV燈），在殺滅細菌的同時也會將藻類和藻類的孢子殺死，如果水體中有浮游的藻類，可以用UV循環殺菌燈來殺滅。用紫外線燈照射附著藻類的地方也可以在幾天內殺死藻類，但會對水草造成一定影響。