保稅加工貨物進出境由加工貿易經營單位或其代理人向海關申報。

保稅加工貨物進出境申報必須持有加工貿易手冊或其他準予合同備案的憑證。

保稅加工貨物進出境的報關程序與一般進出口貨物一樣，也有4個環節，其中申報、配合查驗、提取貨物或裝運貨物3個環節與一般進出口貨物基本一致，見一般進出口貨物的報關程序。有區別的是，保稅加工貨物進境的報關程序第3個環節不是繳納稅費，而是暫緩納稅，即保稅。除此以外，還有以下區別：

加工貿易企業在主管海關備案的情況在計算機系統中已生成電子底賬，有關電子數據通過網絡傳輸到相應的口岸海關，因此企業在口岸海關報關時提供的有關單證內容必須與電子底賬數據相一致。也就是說，報關數據必須與備案數據一致，一種商品報關的商品編碼、品名、規格、計量單位、數量、幣制等必須與備案數據無論在字面上還是計算機格式上都完全一致。若不一致，報關就不能通過。

保稅加工貨物進出境報關的許可證件管理和稅收征管要求如下：

(1)關于進出口許可證件管理

①進口料件，除易制毒化學品、監控化學品、消耗臭氧層物質、原油、成品油等個別規定商品外，均可以免予交驗進口許可證件。這里所稱“免予交驗進口許可證件”，并不包括涉及公共道德、公共衛生、公共安全所實施的進出口管制證件。

②出口成品，屬于國家規定應交驗出口許可證件的，在出口報關時必須交驗出口許可證件。

(2)關于進出口稅收征管

準予保稅的加工貿易料件進口時暫緩納稅。加工貿易項下出口應稅商品，如系全部使用進口料件加工生產的產(成)品，不征收出口關稅。加工貿易項下出口應稅商品，如系部分使用進口料件、部分使用國產料件加工的產(成)品，則按海關核定的比例征收出口關稅。

具體計算公式是：

出口關稅=出口貨物完稅價格×出口關稅稅率X出口產(成)品中使用的國產料件和全部料件的價值比例

出口貨物完稅價格由海關根據《中華人民共和國海關審定進出口貨物完稅價格辦法》(以下簡稱《審價辦法》)的規定審核確定。

加工貿易出口的特殊商品，應征出口關稅的，按照有關規定辦理。例如：加工貿易出口未鍛鋁，不論是否有國產料件投入，一律按一般貿易出口貨物從價計征出口關稅。