從本質上看，海關稽查是海關監督管理職能的實現方式，也是海關監管制度的主要組成部分。然而，海關稽查與傳統的海關監管相比又有著顯著的區別，其特征主要表現在：

1．將原有海關監管的時間、空間進行了大范圍的延伸和拓展。海關監管不僅局限于進出口的實時監控和進出境口岸，而是通過評估驗證企業守法狀況或貿易安全情況，有針對性地規范企業內部經營管理，引導企業守法自律，保障其更好地享受海關監管便利。海關對放行未結關貨物的使用、管理情況和在貨物結關放行之后的一定期限內，對與進出口貨物直接有關的企業和單位的會計資料、報關單證及其他相關資料進行稽查。

2．將海關監管的主要目標從控制進出口貨物轉變為控制貨物的經營主體一進出口企業，不再人為地將企業與貨物割裂開來。海關圍繞企業的進出口活動實施動態和全方位的監管，通過監管企業的進出口行為來達到監管進出口貨物的目的。