1、進倉報關

保稅倉庫貨物進境入倉時，除國家另有規定外，免領進口許可證件。

(1)如果倉庫主管海關與進境口岸不是同一直屬海關的，按轉關方式來辦理，可以按“提前報關轉關方式”申報，也可以按“直轉轉關方式”申報。

(2)如果倉庫主管海關與進境口岸是同一直屬海關的，經批準，可以不按轉關運輸方式辦理，由經營企業直接在口岸海關辦理報關手續，口岸海關放行后，企業自行提取貨物入倉。

2、出倉報關

保稅倉庫貨物出倉可能出現進口報關(進入國內市場)和出口報關(復運出口)。

(1)出口報關：保稅倉庫出倉復運出境貨物，應當按轉關運輸方式辦理出倉手續。是同一直屬海關的，經批準，可以不按轉關運輸方式辦理。

(2)進口報關

轉為正式進口的同一批貨物，要填制兩張報關單，一張辦結出倉報關手續，填制出口貨物報關單。另一張辦理進口申報手續，按照實際進口監管方式，填制進口貨物報關單。進口手續大體分為：

①保稅倉庫貨物出倉用于加工貿易的，由加工貿易企業或其代理人按保稅加工貨物的報關程序辦理進口報關手續。

②保稅倉庫貨物出倉作為特定減免稅貨物的，由享受特定減免稅的企業按特定減免稅貨物的報關程序辦理進口報關手續。

③保稅倉庫貨物出倉進入國內市場，按一般進口貨物的報關程序辦理進口報關手續。

④保稅倉庫內的寄售維修零配件申請以保修期內免費出倉的，由保稅倉庫經營企業辦理進口報關手續，填制進口報關單，貿易方式欄填“無代價抵償貨物”，并確認免稅出倉的維修件在保修期內不超過原設備進口之日起3年。

(3)集中報關：保稅貨物出庫批量少批次頻繁，經海關批準可以辦理定期集中報關手續。

3、流轉報關

(1)保稅倉庫與特殊監管區域之間往來流轉的貨物，按轉關運輸的有關規定辦理，保稅倉庫與特殊監管區域屬于同事直屬關區內的，可不按轉關運輸辦理。

(2)保稅倉庫貨物轉往其他保稅倉庫的，應當各自在倉庫主管海關報關，報關時先辦理進口報關，再辦理出口報關。