1、根據生產工藝，腐乳發酵類型有四種：①腌制腐乳②毛霉腐乳③根霉腐乳④細菌腐乳。

2、腌制腐乳：豆腐坯加水煮沸后，加鹽腌制，裝壇加入輔料，發酵成腐乳。這種加工法的特點：豆腐坯不經發酵（無前期發酵）直接裝壇，進行后發酵，依靠輔料中帶入的微生物而成熟。其缺點是蛋白酶不足，后期發酵時間長，氨基酸含量低，色香味欠佳，如四唐場腐乳，湖南茲利無霉腐乳。

3、毛霉腐乳：以豆腐坯培養毛霉，稱前期發酵，使白色菌絲長滿豆腐坯表面，形成堅韌皮膜，積累蛋白酶，為腌制裝壇后期發酵創造條件。

4、毛霉生長要求溫度較低，其最適生長溫度為16℃左右，一般只能在冬季氣溫較低的條件下生產毛霉腐乳。傳統工藝利用空氣中的毛霉菌，自然接種，需培養10—15天左右（適合家庭作坊式生產）。也可培養純種毛霉菌，人工接種，15—20℃下培養2—3天即可。

5、根霉型腐乳：采用耐高溫的根霉菌，經純菌培養，人工接種，在夏季高溫季節也能生產腐乳，但根霉菌絲稀蔬，淺灰色，蛋白酶和肽酶活性低，生產的腐乳，其形狀、色澤、風味及理化質量都不如毛霉腐乳。