1、其一，深層的分裂局面。這一時期，真正意義上的統一只有21年，即280年司馬氏滅吳，到301年“八王之亂”全面爆發。而即便是這21年，西晉也沒有恢復東漢盛時的版圖：鮮卑基本已據有匈奴舊地，并日益南下；渭北高原以北至河套已為羌胡所占；內徙的匈奴人實際已控制了今山西的北部。西晉以前，有三國的鼎立；西晉以后直到隋朝統一，長江流域與黃河流域始終分屬不同的政權，黃河流域更是始終存在兩個以上的政權，甚至同時有十多個政權存在。在政局或南北分裂或東西對峙或地區割據的長期影響下，各別地域的經濟、文化、學術、政治乃至心理，也逐漸“地域”色彩濃厚，“地域”獨立趨勢加強。地域意識的強化與地域傳統的生成，也是一種“分裂”。又即便在同一政權的內部，也有著明顯的地區軍事割據傾向，如東晉南朝的州鎮，北朝的鎮戍，這既造成了中央與地方的爭衡、內外的對抗，也進一步加深了魏晉南北朝大分裂局面下的地區割據與對抗傾向。

2、其二，復雜的民族關系。四周的邊疆民族南下北上、東進西入，遷徙頻繁，造成民族成份復雜，民族融合（自然的融合與強制的融合即戰爭）加速，民族戰爭劇烈，民族更替迅速。北方地區的主角是入主的“五胡”與留居的漢族，在北方整體“胡化”的同時，是頗多艱難曲折的胡人的逐漸“漢化”；在南方，則特別表現為退守南方的北方漢族與南方漢族以及越蠻俚僚的自然融合與強制融合，這也是一種“漢化”。如果再考慮到周邊特別是蒙古高原、東北、西域的民族，則魏晉南北朝歷史實際是由北方邊疆民族（重要者先后有鮮卑、羌胡、高句麗、柔然、高車、突厥等）、中原地區（曹魏、西晉、十六國北朝）、南方六朝三大地域所構成的。其間地域對抗、民族興衰、社會轉型、制度沖突、文化融匯等等，異常復雜。

3、其三，頻繁的人口遷移。這特別表現在東晉十六國南北朝，當時人口遷移的規模之大、范圍之廣、歷時之久、影響之深，超過以前任何一個歷史時期。而十六國北朝內部的人口流動與東晉南朝的僑流人口，又多有不同。如東晉南朝境內的僑流人口，多為主動遷徙而來，成為定居移民的比例較大；東晉南朝尤其是東晉、宋、齊、梁政權，實質上為移民政權，以此，僑流人口的地位高，政治、軍事、文化影響大，受到的優待也多。十六國北朝特別是十六國，漢族以及其他非統治民族的非漢族之頻繁而大規模的人口流動，是由胡族統治者實施的，并且以強制遷移性質為主，他們不僅地位低下，而且境況往往悲慘，胡族統治者強制遷移他們的目的，是以之為兵、用之耕耘；而隨著政權的興亡更替、時局的動蕩混亂，此被強制遷移的人口，又被不同的統治者屢次遷移，所以能夠長期定居下來的移民其實數量有限。