1、性質不同。抗原：抗原（antigen，縮寫Ag）是指能引起抗體生成的物質。它為任何可誘發免疫反應的物質。外來分子可經過B細胞上免疫球蛋白的辨識或經抗原呈現細胞的處理并與主要組織相容性復合體結合成復合物再活化T細胞，引發連續的免疫反應。抗體：抗體（antibody）是指機體由于抗原的刺激而產生的具有保護作用的蛋白質。它（免疫球蛋白不僅僅只是抗體）是一種由漿細胞（效應B細胞）分泌。被免疫系統用來鑒別與中和外來物質如細菌、病毒等的大型Y形蛋白質，僅被發現存在于脊椎動物的血液等體液中，及其B細胞的細胞膜表面。抗體能識別特定外來物的一個獨特特征，該外來目標被稱為抗原。

2、特點不同。抗原：異物性是指進入機體組織內的抗原物質，必須與該機體組織細胞的成分不相同；大分子性是指構成抗原的物質通常是相對分子質量大于10000的大分子物質，分子量越大，抗原性越強；特異性是指一種抗原只能與相應的抗體或效應T細胞發生特異性結合。抗體：IgG于出生后3個月開始合成，3～5歲接近成人水平；IgM占血清Ig總量的5%～10%，血清濃度約為1mg/ml。IgA分為兩型：血清型為單體，主要存在于血清中，僅占血清Ig總量的10%～15%；分泌型IgA(secretory IgA，SIgA)為二聚體，由J鏈連接，含內皮細胞合成的分泌片，經分泌性上皮細胞分泌至外分泌液中。

3、功能不同。抗原：在醫療中將病原微生物制成疫苗進行預防接種，可以提高人的免疫力。也可以根據微生物抗原的特異性進行各種免疫學試驗，幫助診斷疾病。抗體：抗體的功能與其結構密切相關。同一抗體的V區和c區的氨基酸組成和順序的不同，決定了其功能上的差異。不同抗體的V區和C區在結構變化上具有一定的規律，又使得其在功能上存在共性。V區和C區的組成和結構，決定了抗體的生物學功能。