1、首領：烏丸蓮耶

黑衣組織的首領隱藏了二十多年，終于現身了，雖然只是一個名字和一個陰影，連長相都沒暴露，不過也算給等了這么多年的漫迷們一個交代。此前什么阿笠博士、工藤優作甚至毛利小五郎是幕后boss的傳言總算是可以打消了。烏丸蓮耶是一位富豪，黃昏別館的主人，在五十年前神秘離世，實際上是轉入地下籌劃著什么，具體內容暫時無從知曉，做事非常謹慎，十分忌憚赤井秀一，稱他為“銀色子彈”。

2、 朗姆

朗姆至今還未現身（比boss還要神秘，難道又有反轉？），是黑衣組織的二號人物，地位還在琴酒之上，性別和外貌不詳。對于他的長相有很多傳言，例如大塊頭的男子，像女人一樣的男人（不就是人妖...），或者上了年紀的老人等，不過傳言的共同點是朗姆的一只眼睛受了傷，是裝的義眼（具體是哪只眼不明）。目前被懷疑是朗姆的人有警官大和敢助和黑田兵衛（獨眼，身體強壯），資產家阿曼達·修斯的保鏢淺香（羽田浩司一案留下的死亡訊息）、小學老師若狹留美（女性，其中一只眼睛疑似義眼）、壽司店廚師脅田兼則（左眼帶著眼罩，喜歡推理）等。

3、 琴酒

黑衣組織中的中堅人物，平時黑衣組織的各項工作都是由他負責，是最常露面的組織成員，深受首領烏丸蓮耶器重。不過其實也是最苦逼的人物，上頭的大佬死活不露面，下面的小弟不是臥底就是廢物，琴酒心里苦啊。每次露面都身穿黑色風衣，是工藤新一變成柯南的罪魁禍首（某種意義上來說也算救了柯南一命），性格冷酷殘忍，是柯南面對的主要敵人。在目前與柯南的幾次交鋒中都占盡上風，從表現上來看能力不比柯南差，可惜柯南君主角光環護體，所以他的計劃每次都會因為意外而失敗（疑似與宮野志保，也就是灰原哀關系密切）。

4、 貝爾摩多（苦艾酒）

貝爾摩多是黑衣組織的重要成員，雖然在組織中的地位不如琴酒，但是因為烏丸蓮耶格外欣賞她，所以很多時候并不怎么在意琴酒的命令，琴酒對她也是睜一只眼閉一只眼。真實身份是美國女明星莎朗·溫亞德，因為不明原因恢復年輕或者停止衰老（難道是因為APTX4869？）。和工藤新一的母親工藤有希子是好朋友，和首領烏丸蓮耶不同，她認為赤井秀一并不能真正的摧毀組織，柯南（也就是工藤新一）才是真正的銀色子彈，雖然沒有脫離黑衣組織，不過已經反叛。

5、 伏特加

雖然說伏特加名義上是黑衣組織的重要成員，也是琴酒的搭檔，但是目前來看其實只是個腦子不太好使的肌肉男（印象中好像被小蘭打過？？是部長記錯了嗎？？），完全服從琴酒的命令，總是跟著琴酒一起行動，十分尊重琴酒，稱他為“大哥”，看起來更像一個打雜做苦力活的。

6、 基安蒂&科恩

基安蒂和科恩是一對搭檔，是黑衣組織的狙擊手，有效射程大概在600碼左右，實力強勁（可惜在劇場版：異次元的狙擊者中被赤井秀一完爆，琴酒的狙擊能力疑似也比他們強，現在殺手這行不好混啊），參加過多次暗殺行動。其中基安蒂的性格急躁，因為貝爾摩多對卡爾瓦多斯見死不救，所以很痛恨她，而科恩則是性格冷酷，沉默寡言，真不知道這兩個人怎么成為搭檔的。