1、價格不同：價格上看，聚氨酯防水涂料的價格要高些，并且，由于聚氨酯防水涂料的防水層厚度要求比聚合物水泥基防水涂料的要厚一點，材料用量自然也就多，因此，采用聚合物水泥基防水涂料的費用相比更經濟。

2、性能不同：看性能，聚氨酯防水涂料的防水膜表面抗拉強度很低，耐沖擊，穿刺等性能較差；而聚合物水泥基防水涂料一般分剛性和柔性兩種，抗沖擊性能更好，因此相比下聚合物水泥基防水涂料的壽命會更長。施工上，聚合物水泥基防水涂料也更為簡便。

3、環保性不同：看環保，聚氨酯防水涂料具有有害物質，施工時會揮發出較濃的異味，同時油性防水涂料不溶于水，要用化學液體溶解，也是造成其不環保的原因。相比，水性的聚合物水泥基防水涂料則不會有這種危害，其性質與水泥接近，環保無毒。

4、兩者的聯系，其基本材料的物理和化學性能都一致，都是在稀釋劑揮發后形成致密性涂膜，達到防水效果。